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《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》明确提出建设国家创新体系，对建立健全创新机制、建设国家创新体系、建立创新调查制度等进一步提出了更高、更明确的要求。目前，我国创新研究和评价范围涵盖了国家、区域、园区和企业等各个层次，形成了一个结构较为完善的创新能力评价指标体系。
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一、国家层面创新指数
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1、创新型国家评价指标体系
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科技部制定的《创新型国家评价指标体系》用于评价世界主要国家的创新能力，揭示我国创新能力变化的特点和差距。评价对象选取了40个国家，其研究与发展（R&D）经费之和占全球的98%以上，GDP合计占全球的88%以上。力图通过逐年评价与国际对比来监测我国建设创新型国家的进程，为实施国家创新发展战略提供支持信息。
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创新指标在选取上主要有以下几点考虑：一是相对独立，综合反映国家在创新方面的优势和劣势、能力和绩效；二是相对指标为主，突出创新带来的竞争能力；三是总量指标为辅，兼顾大国小国的平衡；四是定量统计指标为主，定性调查指标为辅；五是具有国际可比性；六是具有可扩展性；七是数据可获得性和来源权威性。
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国家创新能力评价指标体系由创新资源、知识创造、企业创新、创新绩效和创新环境5个一级指标和33个二级指标组成：一是创新资源，反映一个国家对创新活动的投入力度、创新人才资源的储备状况以及创新资源配置结构，包括5个二级指标：研究与发展（R&D）经费投入强度、研究与发展人力投入强度、科技人力资源培养水平、信息化发展水平和研究与发展经费占世界比重；二是知识创造，反映一个国家的科研产出能力、知识传播能力和科技整体实力，包括7个二级指标：学术部门百万研究与发展经费的科学论文引证数、万名科学研究人员的科技论文数、百人互联网用户数、亿美元GDP发明专利申请数、万名研究人员的发明专利授权数、科技论文总量占世界比重和三方专利总量占世界比重；三是企业创新，主要用来反映企业创新活动的强度、效率和产业技术水平，包括5个二级指标：企业研究与发展经费与工业增加值的比例、万名企业研究人员拥有PCT专利数、综合技术自主率、企业主营业务收入中新产品所占比重和中高及高技术产业增加值占全部制造业的比重；四是创新绩效，反映一个国家开展创新活动所产生的效果和社会经济影响，包括6项指标：劳动生产率、单位能源消耗的经济产出、人口预期寿命、高技术产业出口占制造业出口的比重、知识密集型服务业增加值占GDP的比重和知识密集型产业占世界比重；五是创新环境，主要用来反映一国创新活动所依赖的外部硬件环境和软件环境好坏，包括如下10个二级指标（选自世界经济论坛《全球竞争报告》中的调查指标）：知识产权保护力度、政府规章对企业负担影响、宏观经济环境、当地研究与培训专业服务状况、反垄断政策效果、员工收入与效率挂钩程度、企业创新项目获得风险资本支持的难易程度、产业集群发展状况、企业与大学研究与发展协作程度和政府采购对技术创新影响。其中，前４个一级指标对应23个二级指标都是定量统计硬指标；第５个一级指标“创新环境”包含的10个调查指标都是定性评分软指标，全部采用《全球竞争力报告》中的调查数据。
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2、中国创新指标体系
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中国创新指数体系由国家统计局发布，其基本结构将反映我国创新能力的监测评价指标分成3个层次。第一个层次通过计算创新总指数反映我国创新发展总体情况；第二个层次通过计算分领域指数反映我国在创新环境、创新投入、创新产出和创新成效等四个领域的发展情况；第三个层次通过上述四个领域所选取的21个评价指标反映构成创新能力各方面的具体发展情况。
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对四个领域的简要说明如下：一是创新环境领域主要反映驱动创新能力发展必备的人力、财力等基础条件的支撑情况，以及政策环境对创新的引导和扶持力度，共设5个指标。二是创新投入领域通过创新的人力财力投入、企业创新主体中关键部门的建设情况以及合作情况来反映国家创新体系中各主体的作用和关系。由于相关数据缺乏及研发环节在创新中的重要性，这里的创新投入指标用研发投入指标代替，共设6个指标。三是创新产出领域通过论文、专利、商标、技术成果成交额反映创新中间产出结果。共设5个指标。四是创新成效领域通过产品结构调整、产业国际竞争力、节约能源、经济增长等方面，反映创新对经济社会发展的影响。共设5个指标。
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中国创新指数的编制主要分以下几步：一是基期年份的选取评价目的决定了指标基准值的选择。用某一历史年份作为基期年份，以基期年份指标值为基准来计算指标的增速，从而测定当前年份指标值的发展速度。在基期年份选取上，根据可操作性原则，综合考虑可获得数据的一致性和连续性后，确定以2005年为基期年。二是确定指标权重在比较国内外赋权方法优劣的基础上，采用“逐级等权法”进行权数的分配，即各领域的权数均为1/4。在某一领域内，指标对所属领域的权重为1/n(n为该领域下指标的个数)。因此，指标最终权数为1/4n。三是计算指标增速通常指标的增速或发展速度是以基期年份指标值作为基准进行比较的。在某一指标体系中，如果按照通常方法计算各指标的增速后进行加权平均，由于可能存在某些指标增速过高(或过低)的情况，会造成指标增速之间不可比(即增速过高或过低的一些指标的作用掩盖了其他指标的作用)，从而造成整个指标体系失真的现象。因此，必须对指标体系中各指标增速的范围进行控制。一种较好的方法是将指标增速的基准值设定为该指标的两年平均值，这样计算出来的各指标增速的范围可以控制在［－200，200］的区间内。四是逆向指标计算时，逆指标取倒数后再计算指标增速。
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二、区域层面创新指数
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1、杭州创新指数
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在对国内外创新主要创新评价指标进行借鉴的基础上，杭州市在2007年也推出了一套城市的创新评价指标体系即“杭州创新指数”。该指数主要是用来评价杭州市自主创新的现状、水平与差距，为发展指明方向，为决策提供参考。
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杭州创新指数指标体系的一级指标有3个：创新基础、创新环境、创新绩效；二级指标有7个：科教投入、人才资源、经济社会环境、创业环境、创新载体、成果产出和经济社会发展；三级指标有23个。
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“杭州创新指数”指标体系涵盖面较广，包括了投入、产出、环境、社会影响等多个方面。与其他创新评价指标体系相比，“杭州创新指数”具有一定的杭州特色。例如，当前杭州正致力于打造“全国文化创意产业中心”，所以将“文化创意产业增加值占服务业增加值比重（%）”纳入了评价指标体系中。
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2、安徽省科技创新指标体系
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“十二五”以来，安徽省处在自主创新能力建设大力发展的阶段，区域创新能力居中部第一。但在发展建设的同时，为了正确、客观、有效的评价安徽省各市科技创新能力，需要在科学论证、广泛调研的基础上建立一套科学的创新评价指标体系，以基础数据为依托，通过科学的测算方法，对安徽省各市科技创新水平进行评价和研究，为省委省政府决策提供参考。
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由安徽省科学技术情报研究所开发的安徽省科技创新指标体系从安徽省具体省情出发，以指标的科学性、综合性、引领性、可比性和可操作性为原则，根据创新系统理论，基于科技投入———产出角度、知识创造———扩散———应用角度、科技创新能力要素角度出发，来构建的评价指标体系能够综合评价科技创新能力，将科技创新指标体系，设计为创新投入、创新产出、创新环境和创新效果四个目标层，从而建立了一套创新评价体系。其中创新投入是科技创新能力的前提条件和基础；创新产出主要反应的是一个地区科技成果产出和支撑经济转型综合情况；创新环境对科技创新有基础保障和支撑作用；创新效果是直接反应一个地区科技创新的综合实力。
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基于数据的可获得性，安徽省科技创新指数指标体系确定为四级指标，包括1个综合指标、4个一级指标、10个二级指标和31个评价指标。
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综合指数的测算时，主要分以下几个过程。首先，将数据采用功效系数法进行标准化处理，消除不同量纲的影响，即进行标准化(无量纲化)处理，并将所有的三级指标调整到60～100分的范围内，然后通过加权法计算二级指标和一级指标。
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其次，确定安徽省科技创新指数的权重。权重值的确定直接影响综合评估的结果，权重值的变动可能引起被评估对象优劣顺序的改变。所以，合理地确定综合评估发展各主要因素指标的权重，是进行综合评估能否成功的关键问题。本测算中采取的是等权重法确定各级指标的权重。
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最后，计算分类指数和总指数的得分。第一步，先通过三级指标的数据得到二级指标的得分，即分类指数的合成。本体系由创新投入、创新产出、创新环境和创新效果四个一级指标组成。先将某一一级指标的所有三级指标无量纲化后的数值与其权重按公式计算就得到二级指标得分。第二步，计算一级指标和综合指标得分。将综合发展评价指标体系中的二级指标无量纲化后的数值与其权重按上述公式计算就得到一级指标的得分，进而得到综合指标的得分。
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三、园区层面创新指数
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1、张江创新指数
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全球衡量科技创新能力的最著名指标是美国“硅谷指数”。上海也一直在探索构建一个能够综合反映城市创新力的指标体系。历时一年多研究，上海市统计局于2005年正式推出代表本市科技创新水平的上海“硅谷指数”，取名张江创新指数。
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要综合评价一个科技园区，需要建立一个复杂的指标体系。当然，科技园的灵魂就是高科技企业。因此，评价科技园区首先应该对园区高新技术企业作出评价。新批准高新技术企业的数量，是比较容易得到的数字，但这样的数字不能反映诸如创新情况、新企业健康程度，创新技术含量等等情况。张江创新指数是系统合成的指标，不仅能反映张江高科技园区的高新技术企业数量，还能反映它们的创新情况。
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张江创新指数是采用指数统计的方法，来反映科教兴市总体变动方向和程度。指数由反映原始创新、二次创新、集成创新的16项指标构成。通过分别对园区、重点产业和重点领域进行评估，并采用系统指数方法合成的指标，综合反映上海园区和企业科技创新的能力。
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由于“张江创新指数”是上海探索性设计建立的新指标，没有现成模板可以引用，部分指标还得从一些数据中“分离”或“归并”，因此该指数体系推出以后，一直没有对外公布过具体数值，张江方面一直在对该指数如何评估、分析进行研究测算，统计部门也在不断完善统计方法和具体细化指标的测算方法。
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从张江创新指数的具体指标来看，提高自主创新、转变经济发展方式的导向十分明确。比如，在体现经济可持续发展方面设计了园区研发投入相当于增加值的比例、科研活动人员所占比重、知识服务业增加值占服务业增加值比重、高新技术成果转化实现产值、每万元工业增加值综合能耗等指标；在体现让人们共享社会发展综合成果的方面设计了公共平台服务等指标。这些也正是党的十七大提出的促进国民经济又好又快发展目标的生动体现。
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2、中关村指数
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中关村科技园区作为中国第一个国家级高新技术产业开发区，经过十几年的发展，已成为高新技术产业的品牌，人们形象地称其为中国的“硅谷”。
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为了进一步推动中关村科技园区的发展，必须提倡从具体的维持企业持续竞争优势的角度来改变科技园区统计指标体系的设计。中关村科技园区2003年启动了中关村指数的研究和评价工作，不过当时中关村指数指标体系着重于企业微观层面，且完全以统计指标为基础，所以存在一定局限性，具体表现为基础指标比较单一尚不能全面反映园区的综合发展情况，所以结果没有公布。2005年l月和8月，北京市统计局、中关村管委会两次向外界发布了旨在总体评价北京高新技术产业发展水平的“中关村指数”，标志着我国地区高新技术产业发展水平有了可供参考的评价体系，产生了重要的影响。
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为了顺应园区产业发展的新趋势、反映园区发展环境的新变化、体现园区管理部门工作着力点的新调整，2008年5月北京市统计局和中关村科技园区管委会共同设立了“中关村指数指标体系构建研究”课题，对中关村指数指标体系进行改进和完善。经过课题组全体成员的共同努力，在国家统计局、国家科技部火炬中心、中国人民大学、北京科学学研究中心等单位的多位专家学者的支持下，课题组最终确定了由创新指数、产业指数、环境指数、国际化指数4个一级指标构成的“中关村指数”指标体系基本框架和指数测算方法。
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中关村指数由五个分类指数构成，即：经济增长指数、经济效益指数、技术创新指数、人力资本指数和企业发展指数。各指数均由3个指标构成，共计15个指标。
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“中关村指数2014”延续“中关村指数2013”指标体系，确定为创新创业环境、创新能力、产业发展、企业成长、辐射带动、国际化六大类指标。
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与其他的创新评价指标体系相比，该指标体系最大的不同是：具有微观性。企业作为区域创新的主体，中关村指数主要的功能是通过测度中关村高新企业的创新能力方面来衡量中关村的创新能力。该指标体系重点突出、涵盖面广、指标明确具体且数量适当，可操作性强。
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中关村指数权数的确定采用主观赋权法。由于各园区的规模实力、资产质量、发展能力、经营效果等要素之间也存在较大的差异性。在评价指标体系重要程度时，广泛征求各方面专家的意见，确定了各有关指标的权数。
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中关村指数主要编制目的是综合描述北京市高新技术产业发展状况，总体评价北京市高新技术产业发展水平。其指数计算范围包括：中关村科技园区海淀园、昌平园、丰台园、电子城科技园、德胜科技园、亦庄科技园内全部高新技术企业，其企业数量占全市高新技术企业总数的90%以上。
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中关村指数的主要作用体现在以下三个方面：一是综合反映北京市高新技术产业的发展状况及其变动趋势。通过中关村指数，既可以综合描述北京市高新技术产业及中关村科技园区的发展现状，也可以反映北京市高新技术产业及中关村科技园区的发展变动趋势。二是分析影响北京市高新技术产业发展的主要因素。社会经济现象的总变动，是由于它的各个组成部分的变动所形成的。通过分析分类指数的变动，可以找出影响北京市高新技术产业及中关村科技园区发展的主要因素。三是监测不同领域的发展变化情况。中关村指数涉及11个领域，重点监测的6个领域分别为电子与信息、生物工程和新医药、新材料及应用技术、先进制造技术、新能源与高效节能技术、环境保护技术。中关村指数可以动态监测不同领域高新技术产业结构变动状况。<br>
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